Aunque Puerto Caicedo tiene muchas fuentes hídricas los ríos o quebradas que más afectan al municipio son: Río Putumayo, Río San Juan, Río Picudo y quebrada el Achote. Los sitios más afectados por inundaciones se describen de la siguiente forma:
Río Putumayo: se puede unir en la parte baja, del sector la Playa hacia abajo con la quebrada el Achote y puede aproximarse hasta la iglesia Católica, como ya lo ha hecho en inundaciones anteriores.
El río Putumayo puede orientarse hacia el componente urbano de Puerto Caicedo si se presentan crecientes fuertes del río San Juan, ya que prácticamente la desembocadura del Río San Juan sobre el río Putumayo está al frente del componente urbano de Puerto Caicedo.
porvenir, La Rochela , las Palmas, San Pedro, Santa Martha, Campobello, La Isla y el Bagre. Villaflor es la zona más afectada, según reporte en el año 75 se presentó una inundación fuerte afectando viviendas y cultivos.
La Quebrada el Achote: puede inundar parte del componente urbano, como consecuencia de las lluvias y del reflujo ocasionando por el río Putumayo. Hace muchos años la quebrada en mención corría por las calles de P /Caicedo como producto de lo anteriormente expuesto.
Inundación componente urbano por aguas lluvias: Debido a que el municipio componente urbano carece de sistema de recolección de aguas lluvias, cuando se presentan lluvias torrenciales o prolongadas se puede inundar con facilidad el área urbana, alcanzando alturas del nivel del agua hasta de treinta cm. En repetidas ocasiones se han inundado las calles principales de Puerto Caicedo, por lo tanto se requiere con urgencia de establecer el sistema de recolección de aguas lluvias.
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